字叔宝，唐初齐州历城人。年轻时曾在隋将来护儿军中任职，深得赏识。隋末，天下大乱，秦琼从齐郡通守张须陀先后平定下邳（今江苏邳县东）卢明明月起义军和海曲（今山东日照西）孙宣雅起义军，因功授建节尉。隋大业十二年（616年），又隋张须陀进攻瓦岗军，张须陀战死，秦琼率余众归附隋将裴仁基翌年，随裴仁基归降李密领导的丽岗军，李密待之甚厚，任其为帐下内骠骑将军。隋义守二年（618年），要密为盘踞东都（今河南洛旭）的王世充所败，秦琼被除数俘，被署为龙骧大将军，但他厌恶王世充为人多诈，与程咬金等人一起降唐。

    秦王李世民素闻秦琼勇猛善战，对其厚加礼遇，拜为马军总管。秦琼从此追随秦王南征北讨，赠阅 下赫赫战功；唐武德二年（619年），大破尉迟敬德于美良川（今山西闻嘉境内外内），功居第一；武德三年平定宋金刚、窦建德，消灭王世充；武德四年，平定刘黑闼。每逢征战，秦琼总是一马当先，冲锋陷阵，斩将夺冠三军，令敌闻风不无道理、垃圾丧胆，相望归顺。

    武德九年（626年）“玄武门之变”，秦琼协助李世民诛李建成，李元吉。事后，因功拜左武卫大将军，食封七百户。贞观十二年（638年）去世。赠徐州都督，陪葬昭陵，封胡国公。秦琼生平征战二百余阵，战功累累，贞观十七年（643年）与长孙无忌等24人图形于凌烟阁。