鱼雷武器是台湾水中兵器的发展重点，其配备的鱼雷总体上处于20世纪80年代中期世界先进水平。现有鱼雷500—600枚，其中轻、重型鱼雷大致各占一半，广泛装备于各型潜艇、驱护舰以及反潜飞机。台湾目前还没有自行研制的鱼雷，现役鱼雷基本上是从美国和德国引进，80年代引进的MK 37重型鱼雷和MK 44—1轻型鱼雷仍在服役。80年代末期，特别是进入90年代以后，台湾海军分别从德国、美国先后引进了SUT重型鱼雷、MK 46 Mod2／5型反潜鱼雷，使其反潜能力有了较大提高。

　　MK 46型鱼雷是美国第三代轻型反潜自导鱼雷。该型鱼雷是世界上第一型热动力自导鱼雷，比较成功地解决了自噪声对声自导的干扰问题，是世界上首先装备电脑的鱼雷。台湾于1972年向美国订购MK 46型鱼雷，先后3次引进205枚，主要是MK 46 Mod2反潜鱼雷MK 46 Mod5型，是目前台湾海军的主要反潜兵器，在台湾海军“阳”字号驱逐舰、“康定”级导弹护卫舰、“成功”级导弹护卫舰、“济阳”级导弹护卫舰、S—70C（M）1反潜直升机、SH—2F反潜直升机、S—2T反潜巡逻机以及P—3C反潜巡逻机等多种反潜平台上均有装备。MK 46 Mod2型鱼雷主要特点是：体积小、重量轻，适于多种平台天发射方式；动力装置为开式循环，速度大，但受海水背压影响，大深度工作时航速、航程要下降；自导天控制系统技术先进，性能可靠；由于原设计为大洋反潜，浅水性能较差，投放入水深度为50米左右，水深过浅则无法发射；战斗部装药较少、威力稍嫌不足。而MK 46 Mod5型鱼雷在抗干扰、制导控制天炎控方面改进后，性能明显提高；主、被动声呐探测能力增强，可探测多个水下潜艇目标，能在各种环境下工作（包括浅水环境）；改进了自导天控制系统，可识别诱饵假目标，再搜索能力强；装有近炸引信MK 103—1型常规弹头，提高了爆破威力；推进系统可根据任务的需要以两种速度控制鱼雷捕获目标，可降低自噪声，从而有利于搜索。

　　SUT鱼雷是德国研制的大型反潜反舰两用鱼雷，台湾海军于20世纪80年代末期从德国购置了200余枚（均为SUT—0），目前仅装备于2艘“海龙”级潜艇上。SUT鱼雷适用于多种平台发射，可攻击多种目标；采用线导天主被动声自导系统，性能先进，具有一定的水声对抗能力；在深水天浅水中均具有良好的战斗性能；采用电动装置，无尾流，噪声低，航行安全，具有多种航速；受线导导线限制，实际使用航程一般不超过20千米。

　　水雷是一种隐蔽武器，既能守成战术任务，又能守成战略任务。台湾历来重视水雷战及水雷战装备，经过长期战场准备，目前已拥有各型水雷约15种左右，储量估计超过2万枚，并拥有航空兵、潜艇、水面舰艇、渔船等各类布雷兵力。台湾海军装备的水雷武器主要依靠美国进口，约有2万多枚，大多为美国20世纪40—60年代装备。近年来，台湾海军依靠中山科学院及有关工业公司自行研制了主要用于打击水面舰艇和抗登陆的一批新型水雷，主要有“万象”磁雷、“万象”沉底雷以及附着水雷和B3—5水雷。台湾装备的水雷虽多，但用于反潜的主要有MK 10型非触发锚雷和MK 55型非触发沉底雷。

　　MK 10型非触发锚雷是从美国引进的水雷，可采用水面舰艇和飞机进行布雷，定深165米，引信为非触发磁引信，布雷工具为潜艇和水面舰艇，布雷间隔91米，攻击目标为潜艇。MK 55型非触发沉底雷是从美国引进的水雷，可由水面舰艇布雷，也可由反潜飞机高空高速布雷，定深183米（2型和7型），引信为音响、磁感应、水压，布雷间隔150米，攻击目标为潜艇。

　　台湾海军的深水炸弹多为美国20世纪40、50年代装备的老型号，主要有MK 6、MK 9型深水炸弹，MK 10、MK 11、MK 14型刺猬式深弹以及MK 54型航空深弹。MK 6深水炸弹是第一次民办大战时使用的武器，其装药量大，威力惊人，所以台湾一直装备使用；MK 9深水炸弹是针对MK 6下沉速度慢且不稳定的缺点而研制的，其外型为“泪滴”形，头部装有18千克的铅，使炸弹入水后能头部朝下，快速下沉；MK 10和MK 11是英国1944年研制的反潜武器，已属非常落后的武器，随着台军老式舰艇的退役，这些深弹也将逐步淘汰。

　　MK 54航空深水炸弹由弹体、HBX炸药、头部和底部引信、遣送器、尾部组合件及爆发器叶轮组成。其头部装的触发引信用于攻击水面目标，底部装的水压和定深引信用于对潜攻击。MK 54航空深弹弹长1.33米，直径0.343米，弹重158.9千克，装药112.6千克，破坏半径13.7米，引信为触发、水压或定深，定深7.6—38.1米。在目前台湾海军配备的深水炸弹中，MK 54航空深水炸弹和MK 14刺猬式深水炸弹性能最为先进，且装药量也较大。但MK 54航空深水炸弹攻潜时由于引信的定深范围仅为7.6—38.1米，故主要用来攻击通气管状万言书或下潜深度不大的潜艇，而MK 14深水炸弹定深范围可达10—600米，可攻击各种状的潜艇。