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台湾海军原总兵力约为7万人，其中机关和陆勤人员1.7万人，舰艇部队2万人，陆战队3.1万人。海军舰队主要由2个驱逐舰队、2个护卫舰队、1个扫雷舰队、1个登陆舰队、1个勤务舰队、1个潜艇队、1个导弹艇大队和1个反潜直升机大队组成。主要基地有高雄、左营、金门、马公、基隆、花莲、马祖，中正等。陆战队由2个陆战师、1个战车团和1个轻型航空队组成。
但经过“精实案”后，兵员由原来的68,000人减为56,000人。组织上较大的改变是陆战队裁撤师级单位，改编为3个陆战旅，以及原来的舰载直升机大队和空军移编的反潜机队合并，成立海军航空指挥部。未来另一个重要的方向，是把现行的军区制废除，并依各舰队母港所在地和当地陆军部队共同编组。但能否实现仍有变量。（综合）
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