据台湾东森新闻报道，对于沈世籍遭到撤换，台当局“国防部”对外一律表示，由于沈世籍已任“局长”三年，这次的人事调整是依规定办理，希望外界不要有过多的臆测。

　　但据《壹周刊》的报道指出，沈世籍会遭到撤换的原因，是在年初的一场由陈水扁召开的项目会议上，当时沈世籍没有向许惠佑报告，就把获得的情资提出，以博取陈水扁的信任，此举让许惠佑相当不快。

　　当“军情局”对某事件情资掌握不足时，就让许惠佑抓到机会，在与台“行政院副院长”邱义仁和“国防部长”蔡明宪讨论过后，就建请陈水扁把沈世籍撤换掉。