台湾《中国时报》发表社论指出，“最高法院”驳回了检方上诉，马英九的特别费案三审无罪定谳，“司法”还给台湾一个可以清白上任的“总统”。马英九沉冤得雪，特别费案的历史共业，却并未就此了结。接下来，该做些什么事，可以“最高法院”的判决书为讨论起点。

　　社论指出，“最高法院”虽然接受二审法院的无罪判决，但指出一项重要的不同。“最高法院”拒绝承认行政机关就特别费半数以领据核销，将之认为实质补贴的实务作法，是具有规范效力的行政习惯法或行政惯例，因为此种实务作法与既有的成文规范相抵触，不能优于成文规范而为适用。马英九所以无罪，是因为他主观上并无将特别费纳为自己不法所有之意图，客观上亦无施用诈术的行为，所领之特别费也已全数因公支出而用罄，并无不法所得，贪污背信诸罪均不能成立。简言之，依“最高法院”的见解，特别费以领据核销的的半数，属首长所有，但带着必须“因公支出”的负担，“首长”是否有罪，应视个案是否全数因公支出，有无不法所有之意图而定；至于检具核销的半数，全文判决有罪同告定谳，以他人不实之单据报销，虽然总数吻合，也构成犯罪。

　　此项判决之后，“法务部”还有检察机关，能做什么？该做什么？新的“部长”还未到任，已有“法务部”人员声言“最高法院”的判决并不拘束检方，这种视“司法”如无物的态度，必须严予谴责！

　　检察机关隶属于“法务部”，“法务部”不该忘记，马英九的特别费案，马英九是当事人，检察机关也是当事人。“最高法院”的裁判不拘束当事人，拘束谁？“最高法院”宣示裁判，墨渖未干，“法务部”纵算并不衷心认同其见解，也不该立即抗颜表不遵，检察机关的长官部会眼中无“最高法院”一至于此，该不该整饬纪律，端正一下法治风气？特别费案从一审到二审到三审，对于检方办案品质的粗劣，一再有所指责，尤其是检察官在侦查中以不实之笔录入人于罪的部分，明斥其非；而法务部门不但视若无睹，现在连“最高法院”做成裁判也毫无虚心采纳的迹象，可谓是法治“国家”执政部门极其恶劣的示范。不能正己，焉能正人？马英九的官司已了，吕秀莲的官司也出现类似的质疑，办案检察官的劣行劣迹，所属机关不能不依法交代其应负的法律责任。

　　社论说，“最高法院”揭示了态度，法律见解平实严谨；检察机关办理特别费案，个别检察各行其事，出罪入罪之间天差地别，端视当事人落入何人之手的运气而定。吕秀莲在特别费案的审判过程中问得好：台湾涉案“首长”如此之多，选择起诉二、三人的标准在哪里？为什么检方没有统一的法律见解？她以国民党人造成的共业不该由民进党人负责的理由自辩，陷入政党情结固不足取，然而特别费案的政治着眼或过明显，不正是社会的共同质疑？检方早该、早可统一见解而不为，现在“最高法院”做成了判决，还要继续任令个别检察官恣意行事，继续践踏检察机关跌至谷底的执法信用？

　　看到“最高法院”的判决，“立法院”该做什么？能做什么？数以千计的政府人员因为特别费案件争议的政治纷争而陷入“司法”泥淖，“立法院”为了日后避免类似的问题继续困扰政务“首”长，难道不该循“立法”手段一次解决问题？特别费缺乏法律仔细加以规范，徒凭多年东挪西补的行政函释，惹出偌大的“宪政法治”问题，“立法院”也是难辞其咎。马英九案三审判决先后见解也有宽严不一的见解差异，虽然终在“最高法院”有所统一，但也显示现行法令暧昧不清的程度，确实有着陷人于罪，违背罪刑法定主义精神的严重缺点。“立法院”如果可以及时立法，即有依新法而为裁判加以解决的机会。错误的行政实务不能形成行政习惯法改变既有的行政函释，新而明确的法律却可以取代不合法理、不合时宜的行政函释，这可是远比等到“司法”案件定谳再来赦免，可行得多的解套方法。“立法院”应为、可为之事，如果袖手不为，可就是国民党的政治责任了。

　　社论说，特别费案的争议，因“公务机要费”案而起，所形成的问题，模糊了“公务机要费”的是非，也使得无计其数的政府人员人人自危，严重损害法治原则。选举激情已过，是到了彻底解决的时候了。“看守政府”不足恃，“新政府”能够毫无相应作为，一新民众耳目吗？