据香港中通社报道，分析认为，陈云林访台事，目前两岸存在两个重大分歧。首先，最大的分歧点在于，“陆委会”的逻辑是两岸应该先进行协商再决定陈云林能不能来台；而大陆方面则坚持，“陆委会”必须先同意陈云林访台，然后再进行协商。未来如果双方仍不能在“顺序”上取得妥协，陈云林访台只好继续再等下去。

　　另一个重大分歧点在于，“陆委会”认为陈云林访台之后应该与台方官员会面，但海协发言人谈话强调陈云林访台“不涉及两岸关系其它问题，也不涉及两会恢复商谈以及‘政府主管部门的协商’”，此一方面固然显示大陆方面企图避免将陈云林访台政治化，也避免出现两岸“两会”，甚至官方开始进行谈判的印象；但另一方面，也等于回拒了“陆委会”的要求。

　　分析认为，海协会发言人谈话并未指明磋商的对口单位，仅表示愿与“台湾有关方面指定的单位以适当名义进行磋商”，显示模糊说法预留弹性空间。

　　分析说，尽管存在上述分歧，但分析认为，与去年相较，今年陈云林能不能登台比去年乐观。去年国民党智库在10月下旬申请陈云林访台之后，海基会于去年11月14日及11月17日两度发函海协会要求协商，但尚未等到海协回音，“陆委会”即于18日宣布“不予许可”；大陆这次提出弹性说词，也是希望台湾无论如何要给个说法。