早在两千多年前,中国现存最早的中医理论专著《黄帝内经》问世。该书系统总结了在此之前的治疗经验和医学理论,结合当时的其他自然科学成就,运用朴素的唯物论和辨证法思想,对人体的解剖、生理、病理以及疾病的诊断、治疗与预防,做了比较全面的阐述,初步奠定了中医学的理论基础。《黄帝内经》：《黄帝内经》包括《素问》和《灵枢》各9卷。它分别从阴阳五行、天人相应、五运六气、脏腑经络、病机、诊法、治则、针灸等方面，结合当时哲学和自然科学的成就，作出了比较系统的理论概括和认识。迄今在诊治学上仍具有指导意义。
 
   公元三世纪，东汉著名医家张仲景在深入钻研《素问》、《针经》、《难经》等古典医籍的基础上，广泛采集众人的有效药方，并结合自己的临床经验，著成《伤寒杂病论》。该书以六经辨伤寒，以脏腑辨杂病，确立了中医学辨证施治的理论体系与治疗原则，为临床医学的发展奠定了基础。后世又将该书分为《伤寒论》和《金匮要略》。其中，《伤寒论》载方113首（实为112首，因其中的禹余粮丸有方无药），《金匮要略》载方262首，除去重复，两书实收剂269首，基本上概括了临床各科的常用方剂，被誉为“方书之祖”。
 
   《难经》，全书共有81章。分别对脉法、经络流注、营卫三焦、气血盛衰、脏腑诸病、经穴及用针的补泻手法等方面作了比较深入的解释和发挥，丰富和发展了《内经》的学术理论，为后世有关中医诊断、病理、经络和针灸等学术的发展起了积极的推动作用。因其阐述了《内经》的有关疑难问题，故名《难经》。《神农本草经》：本书共分3卷，收载药物365种，除去重复的实际是中药347种（其中植物药239种、动物药65种、矿物药43种）。本书汇集了古时至汉代以前的药物知识，分别用四气（升降浮沉）五味（辛甘酸苦咸）概括药物的性能和作用，根据有毒和无毒而将药物分成益气、补虚、除邪等上、中、下三类；创立了方剂的有关配伍方法；对于药物的炮制、贮藏方法和经验也作了概括性的描述，虽其中也有某些错误的地方，但有关经验的总结却奠定了中药药物学的理论基础。