据台湾媒体报道，台检方大规模搜索邱义仁等三名“阁员”办公室及住处，办案人员透露有重大斩获，除查获邱义仁、柯承亨与金纪玖连系的通联及简讯外，还在邱宅查扣到重要记事本、柯宅查获与金纪玖连系的书面文件，显示两人先前的说词有所保留。

据指出，检方在邱义仁位于汐止的家中，查扣到一份力甲营造负责人金纪玖写给他的备忘录，内容是金纪玖向邱义仁报告与巴纽建交的进度，文件是用电脑中文打字撰写，金纪玖在文件下方还签下“C．J敬上”字样，令检方怀疑邱义仁声称台巴“建交”案是由“外交部”执行的说法，不能尽信。

据指出，邱义仁习惯上不太在公文上留下纪录，许多重要决策都是口头交代；检方前天在邱义仁办公室及官邸未找到相关书面文件，却在汐止住处发现邱义仁平常私下记载巴纽案重要事项的记事本。办案人员表示，查扣的记事本有助厘清邱义仁在巴纽十亿丑闻弊案中所扮演的角色。

此外，检方在柯承亨住处除发现他手机内有连系金纪玖、谈及巴纽案处理等内容，让柯承亨当场脸色大变；检方还查扣到柯承亨曾与金纪玖连系的书面文件。检方怀疑，柯承亨先前坚称只引介金纪玖给邱义仁、并未参与台巴建交案的说词，有相当保留。

由于在邱义仁、柯承亨住处都查扣到两人与金纪玖连系、往来的书面文件资料，与两人先前接受检方侦讯时的说词并不完全一致，检方将再汇整物证后，再度传唤邱、柯两人到案说明。

检方前天大动作的搜索震撼各界。据透露，检方在五日傍晚就向法院声请搜索票，并准备执行夜间紧急搜索。不过，因法官对于检方一举声请搜索“行政院”、“外交部”及“国防部”等重要部会及“阁员”住家提出不少质疑，侦办本案的主任检察官还亲自向法官说明必要性，花了近两个小时的时间，才说服法官同意发出搜索票。

由于拿到搜索票时间已超过十一点，检察长王添盛召集相关检察官讨论后，为避免夜间搜索引发争议，决定六日清晨才同步展开搜索。