台湾《中国时报》的报道说，这两波军、政重要人事案，乃是陈水扁在“国务机要费案”爆发后，最重要的一次出手。他借着调整“总统府秘书长”，把“智多星”邱义仁再找回来，以助于重振他对党、政的操控，预为介入协调2008选举做准备，也为“国务机要费案”官司重新布局。

　　陈唐山早年在海外推动“台独”运动，回台后担任过台南县长，虽受肯定，但毕竟年事已高，思维及语言的灵活度不如新生代战将。如果扁真的履行“权力下放”承诺，陈唐山或许可做个称职的“秘书长”，然而扁既然已决定重出江湖，再度党政军一把抓，邱义仁相较之下就比陈唐山适任多了。

　　特别在扁的核心幕僚马永成、林锦昌等陆续因故离去之后，扁家“军师”青黄不接，决策质量大受冲击。从去年到今年，在因应“台开案”、“SOGO案”、“国务机要费案”过程中，屡屡发生状况，现有幕僚团队不管在操作手法，危机处理或论述能力，显然都无法妥善因应一波波的狂风暴雨。

　　邱义仁回任“总统府秘书长”，背上至少扛着两大任务。第一是协助扁处理2007“立委”选举、2008“大选”的协调、辅选事务，继续保持其影响力，确保他不致“跛脚”。邱曾任“府”“院”党秘书长，选举操盘经验丰富，与“四大天王”的关系也不错，由他居间担任协调，替扁打前锋，绝对可以得心应手。

　　邱义仁的另一项任务，便是协助扁与律师团配合，渡过“国务机要费案”的危机。坦白说，“国务机要费案”去年引爆之初，固然因为名嘴接连爆料，到最后完全失控；但扁官邸总是未在第一时间妥善因应，甚至被质疑“企图以谎话掩护谎话”，更是扁的声望如江河日下的主因。足智多谋的邱义仁回任后，是否能协助陈水扁真正的“奋起”，将是极大的考验。

　　人事案的另一个重点是，陈水扁借着让霍守业担任“参谋总长”，镇压军方内斗，为未来的首任“文人防长”铺路。另外，再以出身法界、行政系统，扁当局长期栽培的许惠佑取代军方出身的薛石民，由文人领导“国安局”，展现他欲全面控制情报体系的决心。

　　报道说，台湾当局的安全情报体系，发源于两蒋时代的“禁卫军”，就如军方一样，内部还是有很多行政力不易穿透的地方。扁执政六年多，透过慢速度的人事更迭，才渐渐地逐出蓝营老军头的影响力。许惠佑接“国安局长”不能仅看做一个单纯的人事案，更重要的意义是扁花了六年多时间，才跨出这一步。