贾湖遗址的发现与发掘具有很高的历史与科学价值，正如我国著名考古学家俞伟超先生在《舞阳贾湖》一书的序言中所说：“贾湖遗址的发掘，可称是80年代以来我国新石器考古中最重要的工作。”其价值主要表现在以下几个方面：

　　1、贾湖遗址有其独特而丰富的文化内涵和复杂的地层关系，这对裴李岗文化的类型与分期研究的深入进行具有重大意义。

　　2、这里发现的大批房基、墓葬、窑穴、陶窑以及大量的生产工具对研究当时的聚落形态、生产力发展水平都有重大意义。

　　3、这里发现的大批保存较好的人体骨架及动物骨骼，对研究当时的人种、人类体质、家畜起源、生态环境都具有重要意义。

　　4、墓葬中随葬成组内装石子的龟甲及共存的骨笛及杈形骨器等原始宗教用具为研究当时的埋葬习俗、龟灵崇拜、信仰等宗教意识提供了新的重要资料。

　　5、这里出土的我国迄今发现年代最早的乐器—骨笛，经研究已具备了四声、五声、六声、七声音阶，在我国乃至世界音乐史上都有重要的历史地位。

　　6、贾湖遗址出土的刻在龟甲、骨器、石器、陶器上的契刻符号表明，在距今8000—9000年的贾湖文化已出现了原始文字性质的符号，对研究我国文字的起源提供了重要资料。

　　7、经中国科技大学和美国宾夕法尼亚大学对贾湖出土的陶器进行研究分析，九千年前的贾湖人已掌握原始的酿酒技术，这对研究世界酒文化史具有重大意义。