１９９０年１１月２１日，台湾的海峡交流基金会在台北成立，并于１９９１年３月９日正式挂牌工作。海基会以民间财团法人基金会的形式出现，任务是接受台湾“行政院大陆委员会”的委托，办理台湾当局“不便与不能出面的两岸事务”。辜振甫被推举出任海基会董事长至今。
１９９１年１２月１６日，海峡两岸关系协会在北京成立。它以促进海峡两岸的交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一为宗旨。工作范围为致力于加强同赞同海协宗旨的社会团体和各界人士的联系与合作；协助有关方面处理海峡两岸同胞交往中的问题，维护两岸同胞的正当权益。还可接受有关方面的委托，与台湾有关部门和授权团体、人士商谈两岸效中的有关问题，并签订协议性文件，汪道涵当选海协会长至今。
海峡两岸关系协会成立后，与台湾海峡交流基金会正式建立了受权的制度化的接触商谈的渠道。从１９９２年３月到１９９５年６月，海协与台湾的海基会共进行包括第一次汪辜会谈在内的各种层级的商谈１７次。
１９９３年４月２７日至３０日，海协与台湾海基会经过一年多的磋商，终于在新加坡举行了举世瞩目的两岸受权民间机构领导人的会谈——“汪辜会谈”。会谈达成了四项协议，包括《汪辜会谈共同协议》、《两会联系与会谈制度协议》、《两岸公证书使用查证协议》和《两岸挂号函件查询、补偿事宜协议》。“汪辜会谈”获得成功，得到两岸同胞的高度评价。中共中央总书记江泽民指出：“这标志着海峡两岸关系发展迈出了历史性的重要一步。”
《汪辜会谈共同协议》于５月３０日生效后，海协与海基会开始就两岸交流衍生的四个方面的问题进行事务性商谈。终由于台湾当局试图在两会事务性商谈中达到凸显“两岸分裂分治”的政治目的，致使事务性商谈历经１７次却仍一事无成。１９９５年因李登辉访美破坏两岸关系，两岸事务性商谈被迫中止。
１９９８年１０月１４日，海基会董事长辜振甫率领海基会参访团前来祖国大陆进行为期６天的参访活动。两岸双方对辜振甫先生此行的定义为“参访”，但辜振甫先生５０多年来踏上祖国大陆的第一步，却也是海峡两岸高层５０年来第一次面对面地就祖国统一的大是大非问题坦率交换意见，进行沟通，中共中央总书记江泽民在钓鱼台宾馆礼节性地会见了辜振甫夫妇。１０月１５日，辜振甫与海协会长汪道涵经过两次会面并无拘束地交换意见后，双方达成了四项共识。
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