区内拥有我国纬度最南的现代海洋性冰川、金沙江流域典型完整的高山垂直带自然景观。在很小的空间范围内，集中了从亚热带干暖河谷到高山寒带的各植被类型。寒温性针叶林是哈巴雪山自然保护区山地生态系统中最重要的生态系统类型，这类森林以丰富复杂的中国———喜马拉雅成分为特色，是“世界遗产提名地”最典型的高山针叶林保护区域。哈巴雪山主峰海拔５３９６米,是云南著名的极高山之一。山顶发育有现代冰川，它和玉龙雪山的冰川一样，同是我国纬度最南的海洋性温冰川。高山冰碛湖（黑海、黄湖、湾海），体现了大理冰期时的古冰斗积水而形成的冰川遗迹，是“三江并流”提名地内唯一的“大理冰期”冰川遗迹分布区。