1991年民进党通过党纲，正式提出了民进党的基本主张：

自成立以来，追求“台湾主权独立”始终是民进党为之奋斗的基本目标。其政策主张具体有：

（一）两岸关系方面：民进党自年成立之日始就带有严重的分离倾向，声称“台湾前途应由台湾全体住民共同决定”，并于1991年将“建立主权独立自主的台湾共和国基本纲领”列入党纲，叫嚣“独立建国、制定新宪，依据国际法原则重返国际社会”，“两岸依据国际法在国与国的关系下发展关系”等等，蜕变为地地道道的“台独党”。在岛内外各种局势的影响下，民进党近年来对“台独党纲”进行了一些淡化处理，并于1999年5月8日提出了所谓的“台湾前途决议文”，逐步由过去叫嚣“建立新而独立的国家”转变为鼓吹“维持现状就是独立”的“事实台独”，声称“台湾是一主权独立国家，其主权领域仅及于台澎金马与附属岛屿；台湾，固然依目前宪法称为中华民国，但与中华人民共和国互不隶属，任何有关独立现状的更动，都必须经由台湾全体住民以公民投票的方式决定”。2000年3月上后，陈水扁鉴于民进党实力有所增长，于2002年8月3日抛出了“台湾、中国，一边一国”的谬论，彻底暴露了“台独”真面目。

民进党并将台湾与大陆的关系列入于该党“外交”之中，宣称海峡两岸“应以平等地位进行和平竞争”，透过全方位对话，寻求深切互相了解与经贸互惠合作，建立和平架构，以期达成双方长期的稳定与和平。

（二）在“外交”方面：宣称台湾应广泛参与国际社会，并以寻求国际承认、加入联合国及其它国际组织为奋斗目标。对外不再坚持使用“中华民国”，并以各种不同名称，广泛参与各类官方及非官方国际组织。

（三）在政治方面：实行美国式的民主自由政治体制，“排除任何形式的暴力与专制”，建立“以多数人的自由意志、自由决定为基础的法政秩序”，“保障基本人权、国民主权、权力分立与制衡、责任政府、依法行政、司法独立、政党平等与自由”等等。

（四）在文化方面：发展“新国民意识”，推动中小学教育教材本土化，重塑台湾民众对台湾历史文化的认知。