由于民进党的形成是“党外势力”在反对国民党一党独大的大前提之下的集结，因此自始便存在着许多不同的政治路线以及人际网络，这是民进党派系形成的基础。最开始的时候，主要是美丽岛系与新潮流系以及不结盟的政治人物，在民进党的成长过程中，不断经历派系实力的消长与重组。美丽岛系在经过数次路线之争以及新的年轻派系如正义联机、福利国联机等的挑战，已解散重组。民进党党内的派系众多，派系斗争始终激烈。

执政数年，民进党的派系实力有重大消长，目前党内呈现陈水扁嫡系正义联机，与拥有多席县市长与政务官的新潮流系两大现象，其它小派系，则影响力有限。

正义联机有陈水扁领导，新潮流成员遍及“府会”、地方重要职务，这两个派系组织较严密，募款运作较容易；福利国大老级的人都已不管事，派系结构松懈，谢长廷与苏贞昌虽皆出自福利国，但各有自己人马。目前党内的主要派系有：

新潮流系：从建党之初就存在的派系，目前也非常亲陈水扁，以新潮流杂志的编采与撰稿人员为班底组成，该派系的主要政纲为“台湾独立”、群众运动路线以及社会民主。明确的政纲与强而有力的派系纪律，使该派系成为党内最具实力的派系，代表人物有曾任“总统府秘书长”的现任“国安会秘书长”的邱义仁等；

正义联机：1992年由陈水扁所创，是陈水扁在党内的主要力量；

福利国联机：代表人物有前民进党主席、“行政院院长”谢长廷，民进党秘书长张俊雄等；

新动力办公室：以前“立委”许荣淑为代表；

“台独”联盟：主要是1991年后返台的“台独”人士，以民进党副秘书长李应元为代表；

新世纪办公室：以现任海基会副董事长、民进党的建党元老之一张俊宏为领军；

    为了对抗新潮流系强大的政治动员实力，“正义联机”、“福利国联机”、“新动力办公室”和“台独联盟”合组的松散派系联盟称为“主流联盟”，是民进党内的主要政治力量，而新潮流派系则较为团结，也是党内有影响力的派系。

此外还有一个“美丽岛系”，与“新潮流”一起是建党之初的两大派系，以施明德等美丽岛事件当事人为代表，但随着1996年施明德的退党与之后许信良的退党逐渐没落，失去影响力。