雪山隧道为完成蒋渭水高速公路建设的关键工程。施工期间遭遇台湾工程史中未曾面对的困难，造成工程严重受阻且进度大幅落后，并使得通车时程比预估的1998年足足晚了8年。细数雪山隧道工程艰难之处，主要因素在于行经极度恶劣的地质[4]。其中包括了6处断层、98处剪裂带及36处地下涌泉。隧道工程常常因此而受到阻碍，有施工人员形容，雪山隧道就像是“泡在水里长大的隧道”。整个雪山隧道工程使用3部全断面钻掘机进行快速挖掘，1部造价约新台币31亿元。其中一部在隧道东口通过硬度比钢还要高的四棱砂岩地层时，一度遭遇每秒750升的大涌水。在挖掘过程中共发生过63次岩盘崩落，全断面钻掘机曾26度受困。另一部位于西行线的一部在某次隧道崩塌事故中被大量土石掩埋而损毁报废。之后施工单位为了加快工程进度，改用传统钻炸法施工，并且在第二号竖井内开启新的工作面，以增加工作面的方式提升施工速度，才让整体施工进度大幅改善。

    整个工程共有上千名工程人员参与，这些工程人员日夜赶工经常回不了家，造成有些人家庭破碎。也有些人因工程环境、压力、憋尿及劳累造成健康受损。最常见的是呼吸系统疾病、外科伤害，也有人泌尿系统受损得面对终生洗肾的痛苦。此外在发生的工程灾难中，有工程人员被绞成碎片，被涌水吞噬或被巨石夺走性命。在前后15年的施工期间内共计有25位工作人员不幸殉职。