2006年的台湾政局主要围绕陈水扁家族弊案、“倒扁运动”以及年底台北、高雄市长及市议员选举展开，蓝绿两大阵营政争激烈，社会动荡不安。陈水扁当局执政危机深化，并重回“急独”路线以稳固权位，民进党内部矛盾及权力争斗激化；国民党上升势头受挫，马英九光环折损，2008年重新执政任重道远；亲民党、台联党等小党加速泡沫化、边缘化。展望2007年，蓝绿阵营将围绕争夺岛内政局的主控权，以及2007年“立委”选举、2008年“总统”大选展开殊死搏斗，岛内社会将持续动荡。
一、“倒扁”运动此起彼伏，朝野政争激烈，政局持续动荡不安
年内，陈水扁亲信及家人疯狂敛财的贪腐弊案层出不穷，特别是陈女婿赵建铭的“台开股票内线交易案”、陈妻吴淑珍的“SOGO礼券及股权纠纷案”以及陈夫妇共同诈领“国务机要费”等一系列骇人听闻的重大弊案曝光后，引起岛内民众的强烈共愤与不满，极力要求“阿扁下台”，并展开一波波声势浩大的“倒扁”运动。
国、亲两党除举办“全民呛扁、阿扁下台”的游行集会活动，更先后三度在“立法院”推动罢免陈水扁案，最后均因民进党“立委”的集体抵制而无法过关。7月，亲绿的学运、社运及文化界人士两度发表声明，痛批扁毫无道德良知，呼吁民众“停止沉默、促扁下台”。李登辉为抢夺“清廉本土”大旗也乘机与扁切割，宣称“绝不与贪腐政权站在一起，领导人做不好就该换人”。8月，前民进党主席施明德公开吁扁“勇敢认错、鞠躬下台”，并积极号召“百万人反贪腐倒扁运动”，获得岛内不分族群、省籍与蓝绿的各行各业民众自发自动的热烈响应，成功举办了“9.9首日静坐”、“9.15荧光围城”、“10.10天下围攻”等数波声势浩大的游行集会活动，将整个“倒扁”运动推向了高潮。11月，被视为“国师”的“中研院”院长李远哲以及义美公司总经理高志明、前“总统府秘书长”陈师孟等“独派大老”也发表公开信吁陈“自动请辞下台”。
面对风起云涌、如火如荼的“倒扁”声浪，摇摇欲坠的陈水扁政权为稳住阵脚则全面发动反扑。一方面将“倒扁”扭曲为泛蓝阵营的“搞政争、真夺权”，鼓吹“台湾若要好，本土政权不能倒”以煽动民粹，另一方面则全力发动“台湾社”等“急独”组织举办“挺扁”大游行，并放任深绿民众制造暴力事件吓阻“倒扁”运动南下。由于陈水扁拒不下台，特别是民进党全力“巩固领导中心”，导致“倒扁”运动一时难以取得成效，加之在经历月余的激情后，民心渴望社会回归平静，大规模的“倒扁”群众运动自“天下围攻”后暂告段落。
二、陈水扁当局执政危机深化，民进党内部权力争斗激化
陈水扁及家人贪腐弊案接二连三爆发，彻底摧毁民进党自我标榜的“清廉改革”形象，扁的政治信用完全破产，政治声望急剧下降，控制政局及党内的能力弱化。民调显示，高达56%的受访者认为民进党不配称为清廉政党，支持度跌至18%的历史谷底，扁个人满意度仅剩10%，65%民众认为扁“已不适任应主动下台”。“倒扁”街头运动及在野党发动的三度“罢免案”，加之民进党内要求扁“自动请辞”声音不断，令扁面临严峻的下台危机。陈水扁深知只有稳住党内才能解除危机，因而多管齐下发动“政权保卫战”：一是5月31日宣布权力下放，以疏解、安抚党内的不满情绪；二是利用吕秀莲、游锡堃、苏贞昌、谢长廷“四大天王”之间的矛盾与恐怖平衡，稳住高层；三是积极拉拢“台独基本教义派”，借“深绿”选民绑架党籍“立委”。为避免“扁下吕上”全盘打乱该党既有权力生态平衡，甚至带来毁灭性的冲击，民进党最后选择了“保扁”。特别是该党在年底北高市长选举一役卯足全力守住了高雄，避免了“崩盘”、止住了下滑，陈水扁也得以暂时稳住阵脚。
随着“后扁时代”的来临，党内各派系与“四大天王”为争夺党机器的主控权及2008年接班有利位置展开了激烈的争夺。年初，党内各派围绕党主席改选展开角逐，最后由陈水扁、新潮流系与苏贞昌三方势力共同支持的游锡堃出线；在随后的“内阁”改组中，新潮流系力拱的功贞昌取代谢长廷，形成“扁苏游体制”；7月“全代会”进行党央权力核心改组时，苏结合新系等“亲苏”势力拿下了绝大部分席次，谢、吕、游的势力全面式微，“四大天王”之间的接班均势被打破，苏一枝独秀、领先优势明显，“反新系”与“反苏”势力则加速串联与结盟。年底北高市长选后，接受党中央征召投入台北市长选举的谢长廷因在选举中表现亮丽，“虽败犹荣”，声势看涨、人气窜升，再度形成苏、谢并驾齐驱的局面。游、吕两人也不甘落后，积极在台面下运作。
三、国民党上升势头受挫，马英九光环折损，2008年重新执政之路任重道远
年内，继去底“三合一”选举大获全胜后，国民党又接连在嘉义市“立委”补选、台东县县长补选两战中获胜，政党声势呈上升势头。党主席马英九推动的一系列党务改革措施，如搬离豪华的中央党部大楼，积极处理党产、公布党产报告，改进党内选举风气，打破传统的“密室政治”、“暗箱操作”，设立“廉政委员会”，强调反腐倡廉等，在一定程度上提升了该党的正面形象。民调显示，该党支持度高、满意度、信任度与整体形象均居各党之首。在年底北高市长选举中，该党仅以1114票的些微差距饮恨高雄，未能实现一举拿下北高两市的愿望，进一步向南台湾扩张政党版图的势头受阻。
马英九个人历经“倒扁”运动、“市长特别费案”以及高雄败选的冲击，超人气“光环”有所耗损，民调显示其满意度已由年初的70%降至目前的50%左右，2008年重新执政之路仍面临严峻挑战。一是“市长特别费案”风波使马一向引以为傲的“清廉”形象受损，被媒体喻为“从圣人变凡人”；二是马在“倒扁”运动中被动应战、优柔寡断、进退失据，令其饱受缺乏魄力、决断力、领导力的讥评，尤其是未能及时处理“特别费案”与选举前夕爆发的“走路工贿选疑云”事件，更暴露出其危机处理能力与选举能力的不足。三是马个人魅力对南部本土选民的吸引力不大，仍难跨越浊水溪。马年底卸任台北市长后将专任党主席，将面临如何处理泛蓝整合、与连王宋关系以及如何建构“本土论述”等诸多问题的考验。
四、“北蓝南绿”的政党格局深化，两党政治进一步强化
历经2000年民进党执政后的几次选举，“北蓝南绿”的政党格局逐步成形，泛蓝在北台湾占较大优势，南台湾则是泛绿大票仓。在年底的北高市长选举中，尽管饱受弊案与“倒扁”运动的冲击，民进党依然守住高雄，国民党仅维持在台北的优势，双方在南北两地的“基本盘”变化不大，“北蓝南绿”的政党格局深化。同时，历经年底选战一役，以国、民两大党为主的两党政治进一步确立，亲民党、台联党等小党加速泡沫化、边缘化。如亲民党主席宋楚瑜虽顶着前“台湾省长”、参选两次“总统”大选的光环投入台北市长选战，最后却被泛蓝自动放弃仅获4%的选票；台联党在北高两地推出的候选人的选票均不到1%，尤其是明年“立委”选举将改采“单一选区两票制”，小党的生存空间将进一步遭到压缩。
五、陈水扁重回“急独”路线，加快推动“法理台独”的脚步
年内，陈水扁为化解2005年底“三合一”选举惨败后的执政困境，巩固自身权位，明确选择以推动“急独”作为未来两年的施政主轴。新年伊始，扁在“元旦讲话”中就宣称，期许2006年产生民间版的“台湾新宪法”草案，并于2007年举办“新宪公投”；紧接着又在农历大年初一抛出“认真思考废除国统会及国统纲领”等一系列“急独”言论，并于2月27日不顾岛内外各界的强烈反对悍然宣布“终止国统会的运作与终止国统纲领的适用”。面对“倒扁运动”的强大压力，为争取深绿选民的支持，陈进一步鼓噪“推动以台湾名义加入联合国公投”、“思考处理变更宪法领土范围”、“冻结中华民国宪法，另制第二共和宪法”。为稳住高雄选情、凝聚“台独”基本盘，扁在辅选时更喊出“台湾国”口号，叫嚣“不能让台湾高雄变成中华高雄、中国高雄”。同时，台行政当局也配合推出各项“正名”运动，如把中正国际机场更名为“桃园国际机场”，把“中华文化复兴总会”更名为“国家文化总会”，并提要把民国纪年改为公元等等。
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