闽台渔民自古同在一海域作业。在两岸对峙的年代，台湾当局人为地划出中线，不许福建渔民越线捕鱼，台湾军方驱射、殴打、抓扣我渔民。台湾军警介入海上涉及两岸人员的重大渔事纠纷，人为造成海上纠纷的复杂化。1990年月22日，台方以极不人道方式遣返大陆渔船“闽平渔5540号”造成25名大陆私渡人员窒息死亡。同年8月13日,台方又将50名私渡人员强行并船遣返，导致“闽平渔5202号”被台军舰撞沉，21人落水遇难。这两起海难事件的发生，受到舆论界的强烈谴责，台湾当局不得不暂停遣返，并通过经十字组织频繁与我方联系，要求由十字组织出面商谈遣返事宜。

　　鉴于以上情况，经商定，两岸经十字组织以个人名义，于1990年 9月11日—13日在金门岛就双方人员遣返问题进行了工作商谈。通过商谈达成了 4点协议（简称“金门协议”）：确立了“人道精神与安全便利”的遣返原则，明确以“违反有关规定进入对方地区的居民（简称‘私渡人员’）以及刑事嫌疑或刑事犯”为遣返对象，商定了以马尾—马祖和厦门—金门为遣返交接点，并确定了资料送达、复核、专用船使用、交接见证等遣返程序。同年10月8日开始实施由两岸红十字组织见证的私渡人员遣返作业。

　　“金门会谈”虽是以红十字会名义组织的，但实际上是一次半官方的接触，从此建立了两岸事务管道，台湾舆论界认为这是一次“堪称历史性的会谈”，是两岸关系的一大突破。协议的签字得到了台湾有识之士和广大渔民的赞赏和支持。“金门协议”签定后，福建省根据中央对台方针政策和协议，采取依法、妥善、快速处理的方针，处理了1991年“3.9三保警”事件、“7.21闽狮渔”事件、“10.4闽连渔”事件，以及1992年“霞工缉2号船”事件和“闽宁缉3号船”事件等。并在打击海上走私、私渡问题上，作出了很大的努力。1991年台湾“海基会”副秘书长石齐平率团来闽，与厦门市、福州及福建省政府有关部门就合作打击台湾走私、抢劫等犯罪活动交换了意见，达成了共识，建立了闽台两省事务性接触的渠道，并在共同打击走私、私渡领域进行了成功的合作。1997年3月,台湾犯罪嫌疑人刘善忠劫持台湾中华航空公司飞机到厦门，在处理过程中我们坚持以事实为依据，审慎周密地接法律程序办事，将刘善忠从海上遣回台湾。每一发生在福建的重大突发事件的妥善解决，都为两岸关系的发展起到积极的推动作用。几年来，根据“金门协议”我们共接回遣返人员126批24419人，遣回台湾人员23批67人,有效地维护了台湾海峡的祥和气氛，为海上直航创造了有利条件。