与“南海I号”的发现类似，“南海Ⅱ号”的发现也颇为偶然。5月25日早晨8时30分，云澳边防支队派出所接到当地渔民举报，“三点金”海域有渔船在海上打捞文物，边防民警迅速出击，乘坐公边艇行驶3海里，25分钟后就赶到了现场。“当场我们扣留了21件青花瓷器，扣押了5名渔民”。

　　次日凌晨，派出所再次接到渔民举报、迅速出击，这次收缴结果令民警们大为惊喜，一共是117件古代瓷器。有酱色龙纹的坛罐、有白釉广口罐，还有青花海马纹的大碗……

　　南澳发现沉船一事迅速引起了南澳县边防支队公安局的高度警觉，立即将情况上报给汕头市文化广电新闻出版局，局里火速向省文物鉴定站汇报。有关部门还对当地群众进行了广泛教育。6月1日，本地村民田某主动上缴了56件之前打捞上来的瓷器。

　　为不使“南海Ⅱ号”像福建“碗礁一号”那样遭到大规模的渔民盗捞、哄抢事件，汕头市有关部门迅速成立了海上警戒保护小组，每天出动20人次，24小时对“南海Ⅱ号”实施守护。他们在以沉船为中心，方圆5海里的范围内布设了雷达扫雾器，一旦发现区域内有不明船只停靠10分钟以上，就会立即出巡驱逐。