为不使“南海”2号古沉船遭到盗捞、哄抢,汕头市有关部门迅速成立了海上警戒保护小组,南澳县公安、边防、海警等部门密切配合,协同作战,以沉船为中心,方圆5海里为范围,实行24小时海面和陆上巡逻、布卡、监控,全天候对“南海”2号实施守护。
此外,边防、海警部门还积极帮助考古专家运送各种设备,有力地支援了“南海”2号古沉船的水下考古工作。