１３６８年明军攻占大都后，改大都为北平，后又改称北京。
 
明朝初年对元大都进行了大规模的改建。首先减缩了北边的城墙，其后又拓展了南边的城墙；另外还在元朝宫城的旧址上，稍向南移，兴建了紫禁城。同时，又在太液池的南端，加凿了南海，于是始有三海之称。同时，利用了开凿南海和挖掘紫禁城护城河的泥土，堆筑了万岁山（今日景山），景山的主峰正好定在了传统的中轴线上，并且成为改建后全城平面布局的几何中心。此外，在旧日中轴线的北端又新建了鼓楼和钟楼，明显地标志着中轴线的顶点。

到了清朝，除了大规模在西郊兴建了一批皇家园林外，则完全继承了明朝的北京城，随后到了解放前夕的北京旧城。